Gra Super Monkey Ball: Banana Blitz HD opowiada o perypetiach małpki imieniem AiAi oraz jej przyjaciół nazywajacych się jako GonGon, MeeMeea a oraz Baby. Celem gry jaki mamy wykonać, jest odebranie bananów będących przysmakiem AiAi złemu Kapitanowi Crabuchinowi.